Reloj

miércoles, 9 de junio de 2010

Estructura del genoma del pueblo judio

Nature advance online publication 9 June 2010 | doi:10.1038/nature09103; Received 9 December 2009; Accepted 21 April 2010; Published online 9 June 2010

The genome-wide structure of the Jewish people

Doron M. Behar1,2,14, Bayazit Yunusbayev2,3,14, Mait Metspalu2,14, Ene Metspalu2, Saharon Rosset4, Jüri Parik2, Siiri Rootsi2, Gyaneshwer Chaubey2, Ildus Kutuev2,3, Guennady Yudkovsky1,5, Elza K. Khusnutdinova3, Oleg Balanovsky6, Ornella Semino7, Luisa Pereira8,9, David Comas10, David Gurwitz11, Batsheva Bonne-Tamir11, Tudor Parfitt12, Michael F. Hammer13, Karl Skorecki1,5 & Richard Villems2
  1. Molecular Medicine Laboratory, Rambam Health Care Campus, Haifa 31096, Israel
  2. Estonian Biocentre and Department of Evolutionary Biology, University of Tartu, Tartu 51010, Estonia
  3. Institute of Biochemistry and Genetics, Ufa Research Center, Russian Academy of Sciences, Ufa 450054, Russia
  4. Department of Statistics and Operations Research, School of Mathematical Sciences, Tel Aviv University, Tel Aviv 69978, Israel
  5. Rappaport Faculty of Medicine and Research Institute, Technion – Israel Institute of Technology, Haifa 31096, Israel
  6. Research Centre for Medical Genetics, Russian Academy of Medical Sciences, Moscow 115478, Russia
  7. Dipartimento di Genetica e Microbiologia, Università di Pavia, Pavia 27100, Italy
  8. Instituto de Patologia e Imunologia Molecular da Universidade do Porto (IPATIMUP), Porto 4200-465, Portugal
  9. Faculdade de Medicina, Universidade do Porto, Porto 4200-319, Portugal
  10. Institute of Evolutionary Biology (CSIC-UPF), CEXS-UPF-PRBB and CIBER de Epidemiología y Salud Pública, Barcelona 08003, Spain
  11. Department of Human Molecular Genetics and Biochemistry, Sackler Faculty of Medicine, Tel Aviv University, Tel Aviv 69978, Israel
  12. Department of the Languages and Cultures of the Near and Middle East, Faculty of Languages and Cultures, School of Oriental and African Studies (SOAS), University of London, London WC1H 0XG, UK
  13. ARL Division of Biotechnology, University of Arizona, Tucson, Arizona 85721, USA
  14. These authors contributed equally to this work.
Correspondence to: Doron M. Behar1,2,14 Email: behardm@usernet.com
Correspondence to: Karl Skorecki1,5 Email: skorecki@tx.technion.ac.il
Correspondence to: Richard Villems2 Email: rvillems@ebc.ee
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Contemporary Jews comprise an aggregate of ethno-religious communities whose worldwide members identify with each other through various shared religious, historical and cultural traditions1, 2. Historical evidence suggests common origins in the Middle East, followed by migrations leading to the establishment of communities of Jews in Europe, Africa and Asia, in what is termed the Jewish Diaspora3, 4, 5. This complex demographic history imposes special challenges in attempting to address the genetic structure of the Jewish people6. Although many genetic studies have shed light on Jewish origins and on diseases prevalent among Jewish communities, including studies focusing on uniparentally and biparentally inherited markers7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, genome-wide patterns of variation across the vast geographic span of Jewish Diaspora communities and their respective neighbours have yet to be addressed. Here we use high-density bead arrays to genotype individuals from 14 Jewish Diaspora communities and compare these patterns of genome-wide diversity with those from 69 Old World non-Jewish populations, of which 25 have not previously been reported. These samples were carefully chosen to provide comprehensive comparisons between Jewish and non-Jewish populations in the Diaspora, as well as with non-Jewish populations from the Middle East and north Africa. Principal component and structure-like analyses identify previously unrecognized genetic substructure within the Middle East. Most Jewish samples form a remarkably tight subcluster that overlies Druze and Cypriot samples but not samples from other Levantine populations or paired Diaspora host populations. In contrast, Ethiopian Jews (Beta Israel) and Indian Jews (Bene Israel and Cochini) cluster with neighbouring autochthonous populations in Ethiopia and western India, respectively, despite a clear paternal link between the Bene Israel and the Levant. These results cast light on the variegated genetic architecture of the Middle East, and trace the origins of most Jewish Diaspora communities to the Levant.

Microbiota vaginal (Tomado del Blog de Manuel Sanchez)

Una colaboración entre varios grupos investigadores ha llevado a cabo un estudio para entender el microbioma vaginal humano y su papel en la defensa frente a las infecciones urogenitales femeninas. Para ello han tomado muestras de la microbiota vaginal de 396 mujeres norteamericanas pertenecientes a cuatro grupos étnicos: blancas, negras, hispanas, y asiáticas. La microbiota fue analizada mediante diversos procedimientos incluyendo la secuenciación y comparación de los genes que codifican para el 16S rRNA. Los resultados han sido publicados en la revista PNAS.


Uno de los objetivos era determinar si había un "microbioma nuclear" (core microbiome) común a la microbiota vaginal de todas las mujeres. Algo similar a lo que se ha descrito para la microbiota intestinal o para la del pene. Pero no ha sido así. Han encontrado que la microbiota vaginal presenta una diversidad de comunidades bacterianas que se pueden agrupar en cinco grupos (clusters). Los grupos I, II, III y V están dominados por las especies Lactobacillus crispatus, L. gasseri, L. iners, y L. jensenii. El grupo IV es muy diverso y tiene una alta proporción de organimos estrictamente anaerobios. Pero lo más importante es que los cinco grupos bacterianos tienen en común la producción de ácido láctico, un compuesto clave en la ecología de la microbiota vaginal. Es decir, no hay un "microbioma nuclear" pero las diversas comunidades microbianas interactúan como si lo hubiera. El láctico es el responsable de que el pH vaginal sea ácido, creando unas condiciones en el que no pueden crecer numerosos microorganismos patógenos.



Esquema que muestra los cinco agrupamientos genéticos (I al V) encontrados en la microbiota vaginal. La cantidad de ramas nos indica la diversidad microbiana. En la parte de abajo tenemos los valores Nugent para los distintos microorganismos caracterizados. El color rojo indica que esos micrroganismos pueden participar en procesos de vaginosisi aunque se encuentren en la microbiota normal. En la barra más inferior se indica el valor de pH óptimo de dichos microorganismos. (fuente: Ravel et al.)



Sin embargo, no todas las comunidades microbianas que forman la microbiota vaginal son igual de protectoras frente a los patógenos externos. Es importante que haya un equilibrio dinámico entre ellas para mantener una correcta salud vaginal. Las muestras vaginales fueron sometidas a los llamados criterios o puntuación de Nugent para el diagnóstico de la vaginosis bacteriana. Se realiza una tinción de Gram y se evalúa al microscopio la presencia de bacilos grandes Gram-positivos que corresponde a los Lactobacillus. Como esas bacterias corresponden a la flora normal el valor 0 se da cuando hay muchas y el valor 4 cuando hay pocas. Luego se cuentan los bacilos pequeños Gram-variables que suelen corresponder al patógeno Gardenella vaginalis, pero en este caso el 0 es para cuando no se ve ninguna y el 4 para muchas. Y finalmente se evalúan los bacilos curvados Gram-variable que se corresponden con el morfotipo patógeno Mobiluncus, aunque los valores se dan entre 0 y 2. Una puntuación de 7 ó más ese considera como indicadora de una vaginosis bacteriana. Al correlacionar los resultados genéticos con los resultados obtenidos tras aplicar el criterio de Nugent lo que se ha encontrado es que la mayor parte de microorganismos del grupo IV tienen valores de Nugent altos, mientras que los del grupo I presentan los valores más bajos.


Un resultado llamativo ha sido encontrar que hay diferencias entre los diferentes grupos étnicos. Las mujeres hispanoamericanas tienen el pH más alto (pH 5.0 ± 0.59), seguidas de las mujeres negras (pH 4.7 ± 1.04), las asiáticas (pH 4.4 ± 0.59) y finalmente las mujeres blancas (pH 4.2 ± 0.3). Esos datos se correlacionan con el hecho de que las comunidades microbianas dominadas por los lactobacilos son más abundantes en las mujeres blancas y asiáticas. Paralelamente, las comunidades microbianas que no ofrecen una protección óptima frente a los patógenos eran más comunes en las mujeres hispanoamericanas y negras que en las asiáticas y blancas.

Representación de la distribución de las comunidades bacterianas vaginales por grupo étnico. Entre paréntesis se muestra el número de mujeres muestreadas en cada grupo étnico. (fuente Ravel et al.)



El porqué de dichas diferencias es desconocido. Pero los autores dejan muy claro en el artículo que esto no quiere decir que la microbiota vaginal de las mujeres blancas y asiáticas sea más "saludable" que la de las mujeres negras e hispanas porque todas las muestras fueron recogidas de mujeres sanas. Por trabajos anteriores se sabe que la composición de la microbiota vaginal depende de factores muy diversos debidos al hospedador como son: el funcionamiento del sistema inmune, ya sea el innato o el adaptativo, las secreciones vaginales, las células del epitelio, los hábitos de higiene, los métodos anticonceptivos y el comportamiento sexual.


Como indican al final del artículo, las diferencias en la composición de las comunidades bacterianas vaginales deben de ser tomadas en cuenta cuando se estiman los riesgos de padecer una enfermedad, o bien para su diagnosis y tratamiento. Estos trabajos son los primeros pasos hacia la creación de una medicina personalizada enfocada hacia la salud reproductora de la mujer.




ResearchBlogging.org

Nugent RP, Krohn MA, & Hillier SL (1991). Reliability of diagnosing bacterial vaginosis is improved by a standardized method of gram stain interpretation. Journal of clinical microbiology, 29 (2), 297-301 PMID: 1706728

Ravel, J., Gajer, P., Abdo, Z., Schneider, G., Koenig, S., McCulle, S., Karlebach, S., Gorle, R., Russell, J., Tacket, C., Brotman, R., Davis, C., Ault, K., Peralta, L., & Forney, L. (2010). Microbes and Health Sackler Colloquium: Vaginal microbiome of reproductive-age women Proceedings of the National Academy of Sciences DOI: 10.1073/pnas.1002611107

jueves, 18 de marzo de 2010

Amor de madre

Aunque mañana sea el día del Padre, la siguiente entrada está basada en el comentario "Mother's Love" escrito por Moselio Schaechter en su blog "Small Things Considered".

La fisión binaria es una invención impresionante. De un solo golpe, asegura que las células descendientes nazcan iguales y dotadas del mismo potencial para el crecimiento y la supervivencia. Tan simple como suena, deben de haberse requerido unas considerables contorsiones evolutivas para que funcione tan bien en todo el mundo viviente.



En la fisión binaria se replica el material genético (en rojo) y se duplica el contenido celular. Tras la división celular las dos células resultantes son idénticas



Sin embargo, hay células que han adoptado un mecanismo alternativo, en el cual la división celular es asimétrica, donde la célula naciente es originada a partir de una "célula madre" que posteriormente generará más "bebés". El ejemplo más conocido es, por supuesto, el proceso de gemación en las levaduras. Hay otras células que también se reproducen de esa manera, incluyendo algunas bacterias, las esporas sexuales de las setas, e incluso algunas células de plantas.




En la gemación se replica el material genético pero no se duplica el contenido celular. Se produce una yema o gema a partir de la célula madre. Tras la división celular hay dos células desiguales. En la célula madre se produce una cicatriz en su superficie y podrá repetir el proceso hasta unas 30 veces, después de los cuales muere. La célula hija, también denominada "célula virgen", debe de crecer antes de convertirse en una célula madre con capacidad reproductora



Por lo tanto, ¿hay alguna ventaja para abandonar la fisión binaria y realizar la gemación en su lugar? Podría ser así. Los últimos trabajos del laboratorio de Tom Nyström han demostrado que las proteínas que se dañan durante el crecimiento celular, fluyen hacia la célula madre y así dejan a la joven nueva célula libre de tales impedimentos. El daño a las proteínas es a menudo debido a la oxidación causada por especies reactivas de oxígeno. Las proteínas dañadas tienden a formar agregados. Evidentemente eso puede ser malo, así que deshacerse de ellos es bueno. ¿Cómo se acumulan esas proteínas agregadas en las células madre? Pues parece ser que los agregados de proteínas se engancha a los filamentos de actina que crecen desde el nuevo brote hacia la célula madre. Esos filamentos se ensamblan en la punta de la yema en una estructura que los autores llaman un "polarisoma", que se compone de un núcleo de proteínas junto con algunas otras (las forminas) implicadas en la polimerización de la actina. También se requiere una proteína denominada Sir2, también llamada sirtuina, que es una deacetilasa retardante del envejecimiento. Sir2 es conocida por su papel en el alargamiento de la vida media de un ser vivo, no sólo en las levaduras, también en gusanos, peces y mamíferos. Ahora se ha descubierto que Sir2 está involucrada en los procesos en los que interviene la actina, y por lo tanto en la formación de polarisoma. Es un poco más complicado de lo que aquí se describe así que para una visión más detallada, es aconsejable leer el artículo de Leonard Guarente.



El polarisoma en una yema de levadura que se está formando. Los filamentos de actina crecen desde el polarisoma y transportan los agregados proteicos hacia la célula madre (fuente).



Echemos un vistazo en un contexto algo más amplio. No se trata tan sólo de mandar la ropa sucia a la madre. Una consecuencia de la asimetría durante la gemación es que, yema tras yema, la célula madre retiene su integridad corporal, mientras que la misma se pierde si la célula se divide por fisión binaria. En las levaduras, una célula madre puede gemar entre 15 a 30 veces antes de dejar de funcionar. ¿Cómo lo sabemos? Contando pacientemente bajo el microscopio el número de veces que una célula da lugar a yemas, y usando un micromanipulador para retirar las células hijas cada vez que estas se separan de la célula madre. Así hasta que la célula madre ya no produce más yemas. ¡Imagínese separar durante 30 ocasiones a las nuevas células nacientes de la célula madre! (Esto parece ser que fue realizado por primera vez en 1950 por A.A. Barton, que a la sazón trabajaba para una compañía cervecera británica). A este fenómeno se le conoce por senescencia, y puede visualizarse por la aparición de arrugas y el aumento de tamaño de la Gran Dama. Las nuevas células inician el proceso de nuevo, y cada una de ellas será una célula madre por su cuenta. Sin embargo, se había observado que las nuevas células nacidas de "madres viejas" envejecían antes y eran cada vez menos competentes para gemar. No es de sorprender que las levaduras sean las favoritas para los estudios de polarización celular y su posible papel en la senescencia. Muchos artículos se han escrito sobre el tema.



Microfotografía de levaduras gemando. Los "botones" que pueden observarse en la levadura central son las cicatrices producidas por anteriores procesos de gemación. La expresión "Hi, bud!" significa "¡Hey colega!" y es una pequeña broma porque "bud" también significa "yema" (fuente).



Una de las conexiones entre la gemación de las levaduras y el envejecimiento se basa en una vieja teoría de hace más de 120 años propuesta por August Weismann. Él postuló que el envejecimiento evolucionó a partir de la necesidad de separar las células germinales de las células somáticas. Las células germinales deben de ser protegidas de cualquier daño; así que las células somáticas lo "cargan a sus espaldas". Una de las razones aducidas es que deben dedicarse recursos adicionales sobre las células germinales para garantizar su estabilidad genética. Las células somáticas, en cambio, no tienen esos mecanismos y por lo tanto acumulan los daños.



(A) Fotografía de un cultivo en crecimiento exponencial de levaduras en el que puede compararse el tamaño y la morfología de las células jovenes y las viejas. (B)Determinación de la edad celular. Usando técnicas de micromanipulación se cuenta el número de ciclos de gemación que cada grupo de 50 células "vírgenes" realiza hasta que se paran y no hacen más divisiones celulares. Nótese como la viabilidad va decreciendo progresivamente. (C) La célula M es una célula madre terminal después de 15 ciclos celulares. La célula D14 es una célula hija (daugther) pero no ha conseguido separarse totalmente de la madre. La célula D14-1 es una "nieta" pero ni siquiera ha comenzado su ciclo. La célula D15 también está detenida en su ciclo y no podrá separarse (fuente).



Esta es una manera de pensar en la división celular asimétrica. Formalmente, la celulas madre actúa como una célula somática que produce múltiples células germinales, las yemas. Cada una, cuando crezca, se conviertirá en una célula madre con total potencial reproductivo, capaz de producir un conjunto completo de yemas por su cuenta. Durante la gemación, la joven yema evita el daño celular que representan los agregados de proteínas, y burlando así, ese aspecto del envejecimiento celular.


Si la división celular asimétrica puede conseguir dicha protección de la línea germinal, ¿por qué no puede hacer eso cualquier célula? La cuestión no es muy relevante para las células somáticas de los organismos multicelulares, ya que no están involucrados en la propagación de la línea germinal (a menos que el investigador coja sus núcleos y los introduzca en un óvulo). Pero, ¿cómo es que los microbios unicelulares, no han adoptado la estrategia de la gemación? Esa es una pregunta para contestar en otro momento.


Dado que la levadura es el más conocido de todos los organismos eucariotas, lo que permite infinitas formas de manipulación genética, no es de extrañar que se haya convertido en un modelo para el estudio del envejecimiento. Y yo que pensaba que yo sería un buen tema para investigar lo que ocurre en la vejez!



Moselio Schaechter, autor de esta entrada


Addendum: Un comentarista llamado Qetzal dejó un comentario sobre un fenómeno similar se en bacterias. Cuando E. coli se divide, el polo "viejo" acumula chaperonas involucradas en la agregación de (presuntas) proteínas dañadas. Al cabo del tiempo, las células "viejas" pierden su capacidad reproductiva. Algo similar ocurre en Caulobacter crescentus. Así, las bacteria también puede utilizar la estrategia de la segregación de las proteínas dañadas en el interior de las células envejecidas, en beneficio de la población en su conjunto.

miércoles, 10 de marzo de 2010

The primary transcriptome of the major human pathogen Helicobacter pylori

The primary transcriptome of the major human pathogen Helicobacter pylori

Nature 464, 250-255 (11 March 2010) | doi:10.1038/nature08756; Received 6 August 2009; Accepted 14 December 2009; Published online 17 February 2010

Cynthia M. Sharma1, Steve Hoffmann2, Fabien Darfeuille3,4, Jérémy Reignier3,4, Sven Findeiß2, Alexandra Sittka1, Sandrine Chabas3,4, Kristin Reiche5, Jörg Hackermüller5, Richard Reinhardt6, Peter F. Stadler2,5,7,8,9 & Jörg Vogel1,10
  1. Max Planck Institute for Infection Biology, RNA Biology Group, D-10117 Berlin, Germany
  2. University of Leipzig, Department of Computer Science & Interdisciplinary Centre for Bioinformatics, D-04107 Leipzig, Germany
  3. INSERM U869 and,
  4. Université de Bordeaux, F-33076 Bordeaux Cedex, France
  5. Fraunhofer Institute for Cell Therapy and Immunology, RNomics Group, D-04103 Leipzig, Germany
  6. Max Planck Institute for Molecular Genetics, D-14195 Berlin, Germany
  7. Max Planck Institute for the Mathematics in Sciences, D-04103 Leipzig, Germany
  8. University of Vienna, Institute for Theoretical Chemistry, A-1090 Vienna, Austria
  9. The Santa Fe Institute, Santa Fe, 87501 New Mexico, USA
  10. University of Würzburg, Institute for Molecular Infection Biology, D-97080 Würzburg, Germany
Correspondence to: Jörg Vogel1,10 Correspondence and requests for materials should be addressed to J.V. (Email: joerg.vogel@uni-wuerzburg.de).
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Genome sequencing of Helicobacter pylori has revealed the potential proteins and genetic diversity of this prevalent human pathogen, yet little is known about its transcriptional organization and noncoding RNA output. Massively parallel cDNA sequencing (RNA-seq) has been revolutionizing global transcriptomic analysis. Here, using a novel differential approach (dRNA-seq) selective for the 5′ end of primary transcripts, we present a genome-wide map of H. pylori transcriptional start sites and operons. We discovered hundreds of transcriptional start sites within operons, and opposite to annotated genes, indicating that complexity of gene expression from the small H. pylori genome is increased by uncoupling of polycistrons and by genome-wide antisense transcription. We also discovered an unexpected number of ~60 small RNAs including the ϵ-subdivision counterpart of the regulatory 6S RNA and associated RNA products, and potential regulators of cis- and trans-encoded target messenger RNAs. Our approach establishes a paradigm for mapping and annotating the primary transcriptomes of many living species.

domingo, 7 de marzo de 2010

Structure, Function, and Evolution of the Thiomonas spp. Genome.

Structure, Function, and Evolution of the Thiomonas spp. Genome.: "

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PLoS Genet. 2010 Feb;6(2):e1000859


Authors: Arsène-Ploetze F, Koechler S, Marchal M, Coppée JY, Chandler M, Bonnefoy V, Brochier-Armanet C, Barakat M, Barbe V, Battaglia-Brunet F, Bruneel O, Bryan CG, Cleiss-Arnold J, Cruveiller S, Erhardt M, Heinrich-Salmeron A, Hommais F, Joulian C, Krin E, Lieutaud A, Lièvremont D, Michel C, Muller D, Ortet P, Proux C, Siguier P, Roche D, Rouy Z, Salvignol G, Slyemi D, Talla E, Weiss S, Weissenbach J, Médigue C, Bertin PN


Bacteria of the Thiomonas genus are ubiquitous in extreme environments, such as arsenic-rich acid mine drainage (AMD). The genome of one of these strains, Thiomonas sp. 3As, was sequenced, annotated, and examined, revealing specific adaptations allowing this bacterium to survive and grow in its highly toxic environment. In order to explore genomic diversity as well as genetic evolution in Thiomonas spp., a comparative genomic hybridization (CGH) approach was used on eight different strains of the Thiomonas genus, including five strains of the same species. Our results suggest that the Thiomonas genome has evolved through the gain or loss of genomic islands and that this evolution is influenced by the specific environmental conditions in which the strains live.


PMID: 20195515 [PubMed - in process]

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jueves, 4 de marzo de 2010

Genome update: the 1000th genome – a cautionary tale

Microbiology 156 (2010), 603-608; DOI  10.1099/mic.0.038257

A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing

Nature 464, 59-65 (4 March 2010) | doi:10.1038/nature08821; Received 14 August 2009; Accepted 23 December 2009